За обављање јединствених и обједињених послова у предузећу образована је Дирекција са седиштем у Београду, ул. Булевар уметности 2а, Нови Београд, а за обављање послова из делатности предузећа на водним подручјима образовани су водопривредни центри – као облици унутрашњег организовања са овлашћењима, обавезама и одговорностима у процесу рада утврђеним Статутом, и то:

1. Водопривредни центар „Сава-Дунав“ Нови Београд, Бродарска 3, за водно подручје Саве изван територије Аутономне покрајине Војводине и изван подручја града Београда и водно подручје Дунава изван територије Аутономне покрајине Војводине и изван подручја града Београда, са радним јединицама и то;

• РЈ „Смедерево“ у Смедереву, ул. Карађорђева бр. 62;
• РЈ „Неготин“ у Неготину, ул. Станка Пауновића бр. 16;

2. Водопривредни центар „Морава“ Ниш, Трг краља Александра ујединитеља бр.2, за водно подручје Мораве, изузев подручја града Београда, са радним јединицама и секцијама и то:

• РЈ „Велика Морава“ у Ћуприји, ул. Цара Лазара бр. 109;
• РЈ „Западна Морава“ у Чачку, ул. Страјине Лапчевића бр. 3/2;
  - Секција „Ужице“ у Ужицу, ул. Димитрија Туцовића бр. 43;
• РЈ „Јужна Морава“ у Нишу, ул. Трг Краља Александра бр. 2;
  - Секција „Владичин Хан“ у Владичином Хану, ул. Светосавска бр. 2
• РЈ „Ибар-Ситница“ у Приштини;
• РЈ „Бели Дрим“ у Призрену.

3. Водопривредни центар „Радоњић“ Ђаковица, Миладина Попоповића7.

ВПЦ „Радоњић“ са седиштем у Ђаковици, који је као и радне јединице у саставу ВПЦ „Морава“ на територији АП Косово и Метохија (РЈ „Ибар-Ситница“ и РЈ „Бели Дрим“), практично престао са радом 1999. године.